把你的shiny網頁工具部署在云服務器

分類：云服務資訊編輯：互聯網觀察瀏覽量：625

2020-07-20 13:33:06

之前我在生信菜鳥團已經發布的：購買入門級服務器免費送Linux直播培訓服務，提到了可以每個月花幾塊錢購置一款《1核2G服務器》標準品，既可以練習Linux命令，也可以打搭建一個博客：五分鐘搞定你的個人博客，還可以做圖床，或者隧道。然后浙大博士發掘了這個《1核2G服務器》的另外一個用途，分享給大家。以下是投稿緣由我們課題組有一份油菜的核心種質資源，前幾年經重測序之后已經發表了。但是課題組后面很多的項目都基于這份核心種質資源，實驗室成員常常需要檢索分析某些基因的特定SNP，所以我在自學了一段時間的Shiny之后就嘗試著搭建了一個Shiny app并利用Shiny-server部署在課題組的服務器上，但是由于我開發的這個Shiny app本來就打開比較慢，加上很多時候服務器負荷運行，導致Shiny app打開速度就更慢了，有的時候甚至加載時間過長直接打不開。恰巧我緊跟生信技能樹推文更新，了解到可以搞個云服務器來部署Shiny應用。購買服務器一開始@思考問題的熊建議我利用RStudio的Shinyapp.io部署Shiny應用，看名字就知道這是RStudio專門開發的用于部署Shiny應用的一個服務器，有免費版也有企業版的，對于我來說免費版的就足夠了，具體使用可以參考官方手冊，我這里不講，因為我的應用無法部署上去，我使用到的一個包genetics顯示來源有問題，不兼容。具體就是這個包我是從CRAN安裝的，但是利用rsconnect檢測的時候顯示genetics的來源是BioConductor，這就很尷尬了，Google發現很多用戶都遇到個類似的問題，有的解決辦法是從GitHub上安裝繞過了這個問題，genetics好像不能通過GitHub安裝，所以沒辦法只能棄之，自己購買一個云服務器進行部署。服務器產商很多，國外的AWS我也嘗試注冊過，它提供為期一年的免費試用，但是注冊激活的時候需要填信用卡信息，我沒有，只能放棄，轉向國內的云服務器。國內的服務器主要有阿里云aliyun、騰訊云Tencent Cloud以及華為云HUAWEI CLOUD等，生信技能樹也專門寫了推文介紹，有需要的朋友關注生信技能樹看推文哈！我最后選了阿里云，先進入阿里云,注冊登錄，然后學生認證。我直接購買了一年的學生套餐，瞄了一眼，發現還能領個20元的優惠券：最后94元就買一年的最低配（1核2G，1M帶框，40G云盤）的服務器，我主要是用來部署服務器，所以容易足夠了。地域選擇的話我選了華東（杭州），我不記得在哪看了篇博客，里面測試發現不同區域之間差別不大，所以我也沒糾結，就選了所在城市地域。系統我就選了Ubuntu16.04 64位（好像只有這一個Ubuntu版本可選）購買之后進入控制臺，里面有云服務器的詳細信息，對我最有用的話就是有個公網IP了，這樣我的Shiny app全世界都能訪問了！配置服務器有了云服務器就能各種折騰了，我已經折騰過好幾臺服務器了，所以比較順利就安裝配置好了部署環境，新手的話參考生信技能樹的帖子：如果有一個新的服務器你會做什么？，基本能順利地走通。我這里就只講一下安裝Shiny-server，默認你已經安裝了R語言以及Shiny包：首先進入官網下載，里面有詳細的安裝方法：sudo apt-get install gdebi-corewget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.14.948-amd64.debsudo gdebi shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb安裝好之后，會自動創建shiny用戶。需要注意的是，你購買的云服務器你進去之后實際上是root用戶登錄的，我一開始部署的時候由于安裝的包都是root用戶安裝的，所以就修改了配置問題，用root用戶運行Shiny-server，開始的時候運行正常，后面突然莫名其妙就運行不了，所以我最后不得不將所有R包都刪了，然后以shiny用戶登錄。shiny用戶登錄好之后，我先進行了一下設置，主要是R語言以及shiny-server設置：# vi .RprofileSys.setenv(LANG="en_US.UTF-8")options=(repo = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu .cn/CRAN/"))options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")# vi .RenvironR_LIBS=/home/shiny/R_Library然后shiny-server配置文件如下：# Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"preserve_logs true;sanitize_errors false;run_as shiny;# Define a server that listens on port 3838server { listen 3838; # Define a location at the base URL location / { # Host the directory of Shiny Apps stored in this directory site_dir /srv/shiny-server; # Log all Shiny output to files in this directory log_dir /var/log/shiny-server; # When a user visits the base URL rather than a particular application, # an index of the applications available in this directory will be shown. directory_index on; }}然后就是安裝各種需要用到的R包了，這里不講，網上教程太多了，ubuntu學徒安裝R包失敗可以肯定的是遇到各種依賴缺失的問題，這個時候就Google或者百度了，缺啥補啥！需要注意的是，由于我購買的是最低配的服務器，所以有些需要編譯的R包有時候會由于內存不足，編譯安裝失敗，這個時候我的建議是多安裝幾次，總會成功的！所有準備環境準備好了之后，就可以將Shiny app文件上傳到/srv/shiny-server目錄里面，可能需要修改目錄所屬權限：sudo chown -R shiny:shiny shiny-server剩下就差最后最后一步了，云服務器多了個安全組，需要進入控制臺進行設置：（左邊側欄）網絡與安全-安全組，進入之后手動添加開通3838端口就行了。此時瀏覽器打開 http://公網ip:3838/app名就可以看到自己部署的應用了！我這次部署了兩個應用 http://121.41.229.126:3838/bnasnpdb 和 http://121.41.229.126:3838/gwas ，目前運行良好，打開速度也還行！以上是我這次云服務器部署shiny app的經驗，由于一開始沒打算記錄下來，現在信息大爆炸時代，技術分享實在太多了，但是@jimmy說每個人的故事都不一樣，所以我就事后回憶記錄一下，如果能幫助到其他人就最好了！限于本人能力，里面肯定有很多不足的地方。文末友情推薦要想真正入門生物信息學建議務必購買全套書籍，一點一滴攻克計算機基礎知識，書單在：什么，生信入門全套書籍僅需160 。如果大家沒有時間自行慢慢摸索著學習，可以考慮我們生信技能樹官方舉辦的學習班：數據挖掘學習班第5期（線上直播3周，馬拉松式陪伴，帶你入門），原價4800的數據挖掘全套課程，疫情期間半價即可搶購。生信爆款入門-第7期（線上直播4周，馬拉松式陪伴，帶你入門），原價9600的生信入門全套課程，疫情期間3.3折即可搶購。如果你課題涉及到轉錄組，歡迎添加一對一客服：詳見：你還在花三五萬做一個單細胞轉錄組嗎？

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